La società strumentale Museo della Città di Bologna gestisce il progetto Genus Bononiae. Musei nella Città, percorso culturale, artistico e museale nato per iniziativa della Fondazione, articolato in palazzi storici restaurati e riaperti al pubblico nel cuore di Bologna:
Per meglio descrivere e comprendere il genus, la stirpe dei bolognesi di ieri e di oggi, Genus Bononiae. Musei nella Città si sviluppa attraverso un percorso urbano che ne racconta la storia, la vita, le arti ed i sogni; utilizza le strade di Bologna come corridoi, palazzi e chiese come sedi di un unico grande museo, inserendosi nella struttura istituzionale già esistente e prevedendo un pieno collegamento con le altre realtà culturali, economiche e sociali che animano la comunità locale.